 （incubation period）是指病原体侵入机体到最初出现症状和体征之间的这段时期。
各种疾病的潜伏期长短不一，短者数小时，长者可达数月或数年。如禽类禽流感的潜伏期从几小时到数天，最长可达21天。人类患上禽流感后，潜伏期一般为7天以内。非典型性肺炎的潜伏期一般在4-10天，临床报告最短病例为1天，最长有20天，甚至有极个别病例达到28天。一般认为潜伏期长短与感染病毒的种类或者型别、病毒的致病性、病毒的数量、感染途径、被感染机体的免疫力以及其他非生理因素等有关。
以丙肝病毒为例：HCV感染后临床表现一般较轻，常为亚临床型，但输血后感染的潜伏期一般为20天到6个月，也有资料报道2－26周，平均8周。急性感染丙型肝炎病毒后1～3周，输血感染者潜伏期较短为7~33天，平均19天。也有专家指出丙肝潜伏期最高可达20年之久。在此期间它几乎没有任何征兆。不过，无症状并不代表它没有杀伤力。若不及时诊治，6个月后约有75％-85％的丙肝患者会演变为慢性丙肝，其中有10％-30％的患者可能在患病20年左右发展为肝硬化，甚至有3％-10％会演变为致命的肝癌。
其他病毒，比如艾滋病病毒，经输血感染的剂量一般较大，所以潜伏期相对较短，而性接触感染艾滋病病毒的剂量较小，因此潜伏期相对较长。HBV感染后的潜伏期一般为20天至6个月，也有报道28－160天，平均70－80天；HIV感染后1到2个月内可能出现急性的症状和体征，随后进入较长期的无症状期，持续6－15年，平均8－10年，大量输血的可缩短至1－5年。梅毒的潜伏期一般为2－4周。
（window period）指的是病毒感染后病毒出现在血液中直到可以检出足够多的相应病毒标志物（抗原或抗体）前的时期。
窗口期，是指病毒感染人体后，尚未引起人体免疫系统的"重视"尚未产生抗体的时期。在窗口期，血清中无相应的抗原抗体标志物。各种病毒的窗口期是不一样的，一般所称的窗口期指的是检测到病毒抗体的时间，虽然抗原以及核酸检测同样存在窗口期，但时间大大缩短。
以丙肝病毒为例，我们一起看丙肝的窗口期
HCV现症感染示意图
丙肝病毒属于RNA病毒，非常容易变异。在人体感染病毒后但尚未产生抗体前的一段时间会有一个“窗口期”，那在"窗口期"，即使病人已感染了病毒，但由于针对病毒的抗体并不稳定，所以检查抗病毒的抗体的结果却是阴性，容易造成漏诊。
相对于抗体出现的比较晚，丙肝核心抗原的出现时间远远早于抗体出现时间， 人感染HCV到产生抗-HCV的平均时间约60d，这也就是抗-HCV的窗口期。但HCV核心抗原于HCV感染后12～15d即可检测到，较抗-HCV出现提前5～7周。Peterson等报告，HCV核心抗原的出现时间仅较HCV RNA晚1d。因此，HCV核心抗原筛查可用于HCV感染的早期诊断。
正是因为很多病毒存在潜伏期，所以在感染了病毒后，患者本身无法察觉，等到机体出现病毒感染症状或者身体不适时往往已经贻误了治疗的最佳时间。由于现代检测技术的不断发展，病毒检测窗口期不断缩短，病毒检测技术也由单一指标向多种指标发展，这对于疾病的诊断提供了有利条件。
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